Den Sommer verbringen die Mädchen getrennt, danach beginnt ihr letztes Schuljahr. Alisons Leiche verschwindet aus ihrem Grab. Mona, die in die Psychiatrie Radley eingewiesen wurde, wird regelmäßig heimlich von Hanna besucht. Dennoch erhalten sie weitere Nachrichten von "A", welche zunehmend die Leben der Mädchen gefährden. Sie finden heraus, dass Jenna wieder sehen kann, es jedoch aus Angst bis zu ihrem Geburtstag verschwieg. Ein junger Mann namens Lyndon James, der vorgab, Mayas Cousin Nate zu sein, entführt Emily und Paige und versucht, sie umzubringen. Es stellt sich jedoch heraus, dass er Maya aus Eifersucht getötet hat. Emily kann ihn überwältigen und bringt ihn dabei unabsichtlich um. Aria findet heraus, dass Ezra einen Sohn hat, was ihre Beziehung gehörig auf die Probe stellt. Mona wird aus der Psychiatrie entlassen und beginnt wieder, die Mädchen zu bedrohen. In der Halloween-Episode wird Aria von "A" im Partyzug entführt und neben dem ermordeten Garrett in eine Kiste gesperrt. Garrett wurde ermordet, weil er den Mädchen erzählen wollte, was er in der Nacht von Alisons Verschwinden gesehen hat. Als zwei As in Herzdamen-Kostümen Aria vom Zug schieben wollen, sticht sie auf einen von beiden mit einem Schraubenzieher ein. Später sieht man, wie Mona eine Wunde von Jason versorgt. Bei einem Angriff auf Hanna verliert ein Mitglied des "A-Teams" einen Schlüssel. Als er versucht, diesen zurückzuholen, wird Toby von Spencer als Teil des "A-Teams" entlarvt. Spencer darf ihren Freundinnen nicht erzählen, dass Toby ein Mitglied des "A-Teams" ist, da „A“ ihr droht, dass jemand, der ihr nahesteht, umgebracht wird. Als sie es dennoch tut, verfolgt Spencer Mona, um zu verhindern, dass sie jemanden umbringt. Daraufhin entdeckt sie die Leiche von Toby. Sie wird in Radley eingewiesen, als sie völlig aufgelöst und nicht ansprechbar aufgefunden wird. Wo sie glaubt, die Leiche gesehen zu haben, wird nichts gefunden, auch Toby ist noch am Leben und er hat Mona nur vorgetäuscht, Teil des "A-Teams" zu sein, um Spencer zu schützen. Eine Spur führt die Mädchen zu "Roter Mantel", welche die Anführerin des "A-Teams" zu sein scheint. Die Mädchen glauben, dass es Alison sei. Hannas Mutter überfährt Detective Wilden; als sie zurück zum Unfallort kommt, ist dieser jedoch spurlos verschwunden. Detective Wilden wird tot in seinem Wagen gefunden. Mona, die um die Mädchen besorgt ist, möchte gemeinsam mit ihnen herausfinden, wer "Roter Mantel" ist. Mona erzählt den Mädchen, dass Wilden und Melissa die Herzdamen sind. Sie weiß allerdings nicht, wer Wilden getötet hat. Aria macht derweil die Trennung von Ezra zu schaffen, während Paige Emily bittet, gemeinsam mit ihr auf die Stanford University zu gehen. Emily zögert zuerst, stimmt dann allerdings zu. Mrs. Di Laurentis schenkt Hanna einen sprechenden Papagei, mit dem sich Alison, während sie bei ihrer Großmutter war, viel beschäftigt hat. Spencer bemerkt, dass er andauernd eine Telefonnummer singt. Nachdem sie diese entziffert haben, meldet sich niemand auf der Leitung und der Vogel ist weg. Sie entdecken in Alisons Sachen eine Maske, die genau so aussieht wie Alison. Auf dieser Maske steht eine Adresse, zu der sie fahren. Dort finden sie neben Masken von Alison auch eine Maske von Melissa, die sie ihr in den Koffer legen. Als Melissa die Maske findet, fährt sie zum Maskenbildner und zerstört alle Melissa-Masken. Nach einem Angriff auf Mona, bei dem Aria merkt, wie hilflos sie selbst bei einem Angriff wäre, geht sie zu einem Selbstverteidigungskurs. Ihr Trainer Jake ist derselbe wie Holdens. Es kommt bei einer Privatstunde zu einem Kuss. Spencer erfährt währenddessen von Toby, dass er das Wohnmobil an "A" übergeben hat, um herauszufinden, ob seine Mutter wirklich Selbstmord beging. Hannas Mutter verhält sich immer verdächtiger, sodass auch Hanna aufmerksam wird. Zusammen mit Spencer versucht Toby herauszufinden, was mit seiner Mutter wirklich passierte. Die Akte, die er von "A" bekam, sagt, dass seine Mutter Selbstmord begangen hat. Doch Toby glaubt dies nicht. Er spricht mit einem früheren Arzt seiner Mutter, der ihm sagt, dass er seine Mutter von diesem blonden Mädchen fernhalten soll. Aria wird klar, dass sie noch nicht bereit ist für eine Beziehung mit Jake, kommt jedoch später wieder mit ihm zusammen. Hanna findet im Kleiderschrank ihrer Mutter eine Pistole. Währenddessen fahren Spencer und Emily zu einem College und einer anschließenden Party. Als Spencer Emily auf der Party sucht, findet sie in dem Haus einer Studentenverbindung eine Art Bunker, zu dessen Telefon die Nummer des Papageien führt. Hanna versucht die Pistole auf dem Campusgelände zu vergraben, wird jedoch von der Polizei erwischt. Ihre Mutter kommt deswegen ins Gefängnis, weil sie für schuldig gehalten wird, Wilden erschossen zu haben. Arias Mutter will nach Österreich, doch Mike lässt sie nicht gehen. Aria streitet mit ihrem Bruder Mike, sodass ihre Mutter gehen kann und sie näher zusammenrücken. Spencer fährt mit Toby nach Ravenswood, wo sie versuchen mit Mrs. Grunwald zu sprechen, was jedoch nicht die gewünschten Ergebnisse liefert. Caleb und Toby tun sich zusammen um mehr über "Roter Mantel" herauszufinden. Hanna plant, den Mord an Wilden zu gestehen, damit ihre Mutter wieder freikommt. Ihr Plan wird aber von Mona durchkreuzt. Mona stellt sich fälschlicherweise der Polizei und wird daraufhin wieder nach Radley geschickt. Kurz darauf taucht ein Zeuge auf, der in der Nacht, in der Detective Wilden erschossen wurde, anwesend war, und der Polizei erzählt, dass Mrs. Marin weggefahren sei und Detective Wilden erst danach erschossen worden sei. Bei einem Versuch, Emily zu verletzen, verfolgt Aria "Roter Mantel", es ist Cece. Nach einem Kampf denken die Mädchen, Cece sei tot, doch sie verschwindet. Währenddessen verfolgt Spencer eine andere „Roter Mantel“, die sie zu "A's" Versteck führt, wo alle Informationen über die Mädchen und Alison sind. Die Mädchen finden heraus, dass Alison noch lebt, und wollen sie auf einer Party in Ravenswood endlich treffen. Auf dem Weg zur Party treffen sie Mrs. Grundwald, die ihnen erzählt, dass sie Alison aus der Erde gerettet habe, Alison aber verschwunden sei. Sie sagt, die Mädchen sollten die Suche nach ihr aufgeben. In "A's" Versteck ist Ezra wütend in einem schwarzen Anzug zu sehen. Als sie auf der Party in Ravenswood ankommen, suchen die Mädchen nach Alison. Caleb ist ebenfalls auf dem Weg nach Ravenswood und trifft dabei auf Miranda, die ihre Eltern verloren hat, und nun auf dem Weg zu ihrem Onkel in Ravenswood ist. Die vier Freundinnen werden in einem Tunnel getrennt. Hanna wird in einer Telefonzelle in einer großen Villa eingesperrt und danach von Miranda gerettet. Spencer wird von "A" angegriffen, fällt mit dem Kopf auf eine Tischkante und wird ohnmächtig, aber sie wird von Emily und Aria gefunden. Miranda, Caleb und Hanna finden einen Weg nach draußen, dabei findet Miranda ein Grab, auf dem ein Bild von ihr ist und "Miranda Collins" steht. Nachdem Spencer ein Problem mit dem Auto hatte, kam Ezra vorbei und nahm die Mädchen mit nach Hause. Dort sehen sie, dass Alison am Leben ist und sie vor jemanden flieht. Caleb, der bei Miranda in Ravenswood bleibt, um ihr bei der Suche nach ihrem Onkel zu helfen, findet mit ihr ein Grab, auf dem Caleb abgebildet ist und sein Name eingraviert ist. Caleb und Hanna trennen sich und er geht wieder zurück nach Ravenswood. Es kommt heraus, dass Spencer in der Nacht, als Alison verschwand, unter Drogen stand. Als sie diese wieder nimmt und ihre Eltern ihr auf die Schliche kommen, muss sie in eine Rehabilitionsklinik. Die Mädchen treffen Alison, welche ihnen die Geschehnisse des Abends, als sie verschwand, erzählt. Da die Polizei die vermissten Mädchen sucht, ist ein Suchtrupp unterwegs. Die fünf Mädels fliehen auf das Dach eines Hochhauses, als "A" versucht die Mädchen zu erschießen. Doch Ezra rettet die fünf, wobei er jedoch angeschossen wird. Die Mädchen schreien um Hilfe. Ein paar Folgen zuvor haben sich Ezra und Aria getrennt, da diese seinem geheimen Buch über Alison auf die Schliche gekommen ist. Zum Schluss wird Jessica Di Laurentis von "A" begraben.