Alison, Aria, Emily, Hanna und Spencer sind Freundinnen und bilden die angesagteste Clique auf ihrer Schule Rosewood High. Nachdem die Anführerin Alison bei einer Pyjama-Party plötzlich verschwindet, bricht die Freundschaft zwischen den Mädchen auseinander. Ein Jahr später treffen sich die Vier wieder und erhalten kurz darauf belästigende Kurzmitteilungen von einer unbekannten Person namens "A". Jede Nachricht bezieht sich auf "schmutzige" Geheimnisse des jeweiligen Mädchens, von denen außer ihnen selbst nur Alison wusste. Sie nehmen daher an, dass die Mitteilungen von Alison stammen - allerdings wird kurz darauf Alisons Leiche gefunden. Die Mädchen versuchen nun, herauszufinden, wer wirklich hinter dem seltsamen Kürzel "A" steckt und wie diese Person ihre Geheimnisse erfahren konnte. Dabei stellen sie fest, dass "A" scheinbar über alles, was sie unternehmen, Kenntnis hat. Und jetzt droht er oder sie damit, ihre Geheimnisse auffliegen zu lassen. Aria, Emily, Hanna und Spencer verdächtigen inzwischen Ian, den Ehemann von Spencers Schwester Melissa, als Alisons Mörder, und versuchen dies mit allen Mitteln zu beweisen. Dabei gerät Spencer ins Visier der Polizei. Während ihrer Nachforschungen finden die Vier einen USB-Stick mit Videos, in welchen die vier Freundinnen mit Alison zu sehen sind und auch, wie jemand Toby und Jenna filmt. Mithilfe einer Geldübergabe im Wald wollen die Freundinnen den Beweis erbringen, dass Ian schuldig ist. Doch Spencer, welche davor mit ihrer Schwester einen Autounfall erlitt, geht in die Kirche, um das Handy von Melissa zu holen und bekommt somit nicht mit, dass der Mann, der bei den anderen Dreien im Wald auftaucht, ein Unbekannter ist, der von Ian bezahlt wurde. In der Kirche wird Spencer beinahe von Ian, der dort auf sie gewartet hat, getötet. Sie wird jedoch von einer zunächst unbekannten Person gerettet, die Ian den Turm hinunterstößt, woraufhin dieser sich in einem Seil verfängt und sich nicht mehr bewegt. Als die Polizei eintrifft, ist Ian verschwunden. Dadurch werden die Vier nun Tatverdächtige in einem Mordfall. Später wird Ian in einer Scheune tot vorgefunden und mit ihm ein Brief, der sich aber dann als gefälscht herausstellt. Als Reaktion darauf, dass Aria, Emily, Hanna und Spencer aussagten, dass sie Ian sterben sahen, werden sie von ihren Eltern zu der Therapeutin Dr. Anne Sullivan geschickt. Einige Zeit sieht es so aus, als ob Alisons Bruder Jason, der wieder im Haus seiner Eltern wohnt, Ian verstecken würde und Spencer befürchtet, dass ihre schwangere Schwester Melissa heimlich mit Ian Kontakt hält. Doch dann wird Ians Leiche gefunden und ein Abschiedsbrief, in dem er den Mord an Alison gesteht. Emily findet schnell heraus, dass Ians Geständnis aus Textnachrichten von "A" zusammengesetzt ist und somit wissen die vier Mädchen nicht, ob Ian tatsächlich der Mörder war. Die vier erzählen Dr. Sullivan von "A" nachdem Emily mit Nachrichten gequält wurde. Nachdem sie Dr. Sullivan von "A" erzählt haben, verschwindet sie und die Vier bekommen per SMS Anweisungen, sie zu suchen. Vorher muss Spencer aber mit Toby Schluss machen, Hanna die Hochzeit von ihrem Vater ruinieren und Aria Jackie, Ezras Ex-Verlobte, erpressen. Emily wird von "A" zu einer Scheune geschickt, in der sie eingeschlossen und durch Autoabgase ohnmächtig wird. Irgendjemand zieht sie heraus und draußen sieht sie Alison. Einige Zeit später finden Aria, Spencer und Hanna sie und eine Schaufel, die neben der Scheune liegt. Sie erhalten von "A" eine Nachricht mit Koordinaten und beginnen diese Stelle im Wald zu suchen. Als sie an der Stelle anfangen mit der Schaufel nach Dr. Sullivan zu suchen finden sie jedoch nur eine Maske und werden kurz darauf von der Polizei verhaftet. Die Schaufel stellt sich als das Mordwerkzeug heraus, mit dem Allison umgebracht wurde. Während sie Sozialstunden für die Unterschlagung von Beweismitteln leisten müssen, versuchen die vier "A" auszutricksen. Emily, Aria, Spencer und Hanna tun so, als ob sie sich zerstritten haben und "A" fällt darauf rein. "A" bietet Emily ein Geschäft an und sie willigt ein, um "A" eine Falle zu stellen. Bei der Übergabe verrät Emily, dass sie überhaupt nichts gegen "A" in der Hand haben. "A" versucht wegzurennen und schafft es auch, obwohl die vier Mädchen sie verfolgen. Als sie wütend zurück zum Auto gehen, finden sie dort das Handy von "A". Caleb soll das Handy knacken und findet dort nach langem Suchen ein Bild von Puppen, die "A" ihnen geschickt hat. Aria hat eigentlich Hausarrest, da sie ihren Eltern gestanden hat, dass sie mit Ezra zusammen ist und diese wütend reagiert haben. Arias Vater droht sogar, Ezra bei der Polizei anzuzeigen, aber Arias Mutter hält ihn davon ab. Aria vermisst Ezra aber und trifft sich mit einem alten Freund im Theater, wozu auch Ezra Karten hat. Sie kommen jedoch nicht dazu, miteinander zu reden, aber der alte Freund merkt, dass sie Gefühle für Ezra hat. Emily arbeitet zu der Zeit ihre Sozialstunden beim Sorgentelefon ab und bekommt einen Anruf, der gesteht, dass er an dem Abend, an dem sich die Mädchen mit "A" getroffen haben etwas Schlimmes getan hat. Emily hört, dass es Lucas ist und Spencer, Aria und Emily glauben, dass er "A" ist. Währenddessen plant Hanna eine Geburtstagsparty für Caleb im Haus am See von Spencers Eltern. Bei der Vorbereitung stellt Spencer fest, dass das Bild von den Puppen, das Caleb auf dem Handy von "A" gefunden hat, auf dem Dachboden des Hauses am See aufgenommen wurde. An dem Abend der Party fahren Lucas und Hanna über den See, um das Feuerwerk für die Feier vorzubereiten. Mitten auf dem See will Lucas Hanna etwas sagen, aber er wird von Hanna in den See geschubst, da sie sich von ihm bedroht fühlt. Hanna versucht, wegzuschwimmen und gelangt an das Ufer, wo die Partygäste auf sie warten. Am nächsten Abend bricht Lucas in Hannas Haus ein und will mit ihr reden. Caleb kommt hinzu und Lucas gibt zu, an dem vermeintlichen Abend, an dem die Mädchen "A" trafen, Calebs Geld beim Wetten verloren zu haben. Er gibt einen Teil des Geldes an Caleb zurück. Caleb sucht weiter nach Dateien auf dem Handy von "A" und findet ein Video, auf dem Garrett, Jenna und Ian in Alisons Zimmer ein Treffen abhalten. Außerdem findet er ein Bild mit einem gefälschten Personalausweis von Alison mit braunen Haaren. Er ist jedoch misstrauisch und will nicht, dass Hanna davon erfährt, dass er nach den Videos sucht. Hanna findet es jedoch raus und ist erst ziemlich enttäuscht, auch von ihren Freundinnen. Abends kommt Caleb bei ihr vorbei und sie erzählt ihm einen Teil der Geheimnisse. Währenddessen kommt Emilys Mutter wieder und trifft sich mit Emily und Maya im Restaurant, Maya redet jedoch nur von dem Entziehungscamp und ruiniert so den Abend. Am nächsten Tag entschuldigt sie sich bei Emily dafür. Aria trifft sich heimlich mit Ezra, mit dem sie sich versöhnt hat, erzählt ihren Eltern jedoch, dass sie sich mit ihrem Kindergartenfreund Holden trifft. Spencer macht mit Toby Schluss, um ihn zu schützen, woraufhin er die Stadt verlässt. Hannas Vater zieht mit seiner neuen Frau und ihrer Tochter Kate nach Rosewood und ein Nacktbild von Kate wird von Hannas Handy aus an alle Mitschüler geschickt. Am nächsten Tag ist an der Schule ein Tag der Wahrheit und der Schulleiter entscheidet, dass Hanna und Kate in eine Gruppe gehen müssen. An dem Abend kommt es zu einem großen Streit zwischen ihnen und Hanna lässt Caleb ihr Handy hacken, um zu erfahren, wer der Absender ist. Währenddessen findet Spencer heraus, dass Jason ihr Halbbruder ist. Aria streitet sich mit Holden, da er ihr nicht sagen will, was er während ihrer Treffen mit Ezra macht. Emily bricht mit Mona in das Büro des Rektors ein, um den Schulleiter zu erpressen, sodass sie wieder zurück in das Schwimmteam kommt. Es kommt heraus, dass Hanna das Bild gar nicht verschickt hat, sondern dass es Kate selber war. In der Nacht ruft eine Nummer zurück, die die vier angerufen hatten, die in Alisons Jacke gesteckt hatte. Die Person, die anruft, will einige Fragen klären. Als alle im Schlafsaal schlafen, schleicht "A" über sie hinweg. Kurz vor dem zweiten Staffelfinale sieht man eine Szene, wie Jenna sich bedankt und sich herausstellt, dass sie doch wieder sehen kann. Im Staffelfinale werden die Mädchen zu einem Maskenball eingeladen, in dem sie versuchen "A" zu enttarnen. Dabei ist von einem schwarzen Schwan die Rede. Spencer bittet Mona darum sie zu einem Motel zu fahren, wo sie das Versteck von "A" findet. Wenig später wird Mona als "A" enttarnt. Sie versucht, Spencer von einer Klippe zu schubsen. Wie sich jedoch herausstellt, handelte Mona nicht allein, sondern es steckt eine ganze Gruppe, die sich das "A-Team" nennt, dahinter. Mona wird in eine Psychiatrie eingewiesen. Als alle vier zu Emily nach Hause kommen, befindet sich eine Menschenmasse vor ihrem Haus. Es stellt sich heraus, dass die Leiche von Maya gefunden wurde.